針對由于人為過度利用和氣候變化導致的近海漁業資源衰退現狀，開展東海漁業資源的動態監測調查與現狀評價、漁業生物實驗生態、種質資源、人工魚礁規劃設計與效果評價、增殖放流效果評價、漁撈日志的自動采集與漁船的可視化監控、東海生態漁業管理措施與策略的決策咨詢等公益性工作，為近海漁業資源的可持續利用和養護提出理論依據和技術支撐。同時結合科學發展目標，瞄準國家需求，解決國家在海洋生物資源利用和保護方面問題。
主要方向是：
（1） 研究魚類分類學與生物地理學、漁業生物學、種群動力學及其補充機制、
（2） 河口和海洋生態系統動力學
（3） 漁業資源的可持續利用、漁業資源增殖放流
（4） 生態安全漁具漁法功能實驗室
發展目標：堅持基礎性、前瞻性和戰略性的原則，全面增強實驗室的科技創新能力，按照院功能實驗室建設的理念，實行開放、流動、聯合、競爭的運行機制，建設成為高效運行、開放的、具有一流水平的和持續發展的海區級漁業資源養護研究中心。通過集聚其他海區所以及東海區各省級水產研究所的科技力量和科研人才，構建東海區漁業資源研究創新平臺。
