我所現有17個黨支部，即：
（一）辦公室支部：萬一兵和辦公室黨員組成
（二）科研處支部：科研處黨員組成
（三）人事處支部：人事處及待崗黨員組成
（四）財務處與基建處支部：高建芳和財務處、基建條件處黨員組成
（五）成果處與后勤處支部：成果轉化處、后勤處和實驗基地管理中心黨員組成
（六）調查船管理中心支部：調查船管理中心黨員組成
（七）漁業資源研究室支部：程家驊和漁業資源研究室黨員組成
（八）漁業生態環境研究室支部：漁業生態環境研究室黨員組成
（九）捕撈與漁業工程研究室支部：王魯民和捕撈與漁業工程研究室黨員組成
（十）河口與近岸漁業生態研究室支部：河口與近岸漁業生態研究室黨員組成
（十一）水產養殖技術研究室支部：水產養殖技術研究室黨員組成
（十二）水產品質量安全與加工研究室支部：水產品質量安全與加工研究室黨員組成
（十三）遺傳育種與生物技術研究室支部：遺傳育種與生物技術研究室黨員組成
（十四）漁業遙感與信息技術研究室支部：漁業遙感與信息技術研究室支部黨員組成
（十五）漁業信息與經濟研究中心支部：漁業信息與戰略研究中心和長江口與東海漁業戰略研究中心黨員組成
（十六）離休支部：離休黨員組成
（十七）退休支部：退休黨員組成
